شهر باجگیران، در استان خراسان رضوی، آب و هوایی خشک و نیمه خشک دارد. این منطقه معمولاً تابستان‌های گرم و خشک و زمستان‌های سرد و نسبتا مرطوب را تجربه می‌کند. در تابستان‌ها دما می‌تواند به بالای ۳۵ درجه سانتی‌گراد برسد، در حالی که زمستان‌ها دما به زیر صفر می‌رسد.بارندگی‌ها در این منطقه معمولاً کم است و بیشتر در فصل‌ پاییز و زمستان می‌بارد. 

میانگین بارش سالانه ۲۴۰ میلی‌متر می باشد.